本发明属于植物分子遗传学领域,涉及一种水稻5号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对及其在选育水稻品种中的应用。一种水稻5号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对,所述的引物对的上游引物为Seq ID NO.1所示的序列,所述引物对的下游引物为Seq ID NO.2所示的序列。本发明提供的水稻5号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对,是与结实率QTL相关的连锁SSR标记,能够在34份核心种质中较为准确鉴定高结实率材料和低结实率材料的特异条带;能够在育种材料中进行早期的结实率的预测和对是否含有与结实率相关基因的判断;可以快速鉴定育种材料是否含有结实率相关的QTL。成本低廉,鉴定简单,指向性明确。