本发明属于基因工程技术领域,具体公开了一种百合花花部特异和伤害诱导的DXR启动子及其应用。所述启动子的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。本发明所述DXR启动子调控的目的基因在转基因烟草中仅在花组织表达,其表达与花发育进程有关,且表达受伤害和茉莉酸甲酯的诱导。而且本发明所述DXR启动子可以连接到任意一种植物转化载体,然后导入百合花或其它植物细胞中,可获得含有所述启动子的转基因花香和抗性,从而用于生产;也可以根据本发明所述启动子序列信息产生特异性的分子标记,用于鉴定百合花或其它植物花香和抗性基因型,用于分子标记辅助选择育种,从而提高育种的选择效率。