本发明提供一种与小麦旗叶长QTL QFll.sicau‑4D紧密连锁的分子标记,其为分子标记HRM4,核苷酸序列如SEQ ID No:1所示;分子标记HRM4与小麦旗叶长QTL QFll.sicau‑4D之间的遗传距离为0.5cM,二者共定位于小麦4D染色体上。检测分析表明,该分子标记能准确跟踪所述小麦旗叶长QTL,预测小麦的旗叶长特性,进而方便进行分子设计育种。本发明还提供分子标记HRM4在小麦育种中的应用。利用本发明提供的方法能够加强旗叶长预测的准确性,以便快速筛选出具有增加旗叶长的QTL的小麦品种或品系用于育种,可大大加快小麦高产品种的选育进程。