Provided are a processing apparatus, a setting method, and a program that are highly convenient for a user and can prevent deterioration of the image quality of an observed image. The processing device 4 includes a setting information recording unit 462 for recording setting information in which setting values of each of a plurality of image processing are determined according to a combination of at least one of identification information and observation light information and each of a plurality of modes , Setting of each of a plurality of image processing to be executed by the image processing unit 42 based on at least one of the identification information and the observation light information acquired by the acquisition unit 47 and the setting information recorded by the setting information recording unit 462 And a setting unit 491 for setting the value.使用者にとって利便性が高く、観察画像の画質が悪化することを防止することができる処理装置、設定方法およびプログラムを提供する。処理装置4は、識別情報および観察光情報の少なくとも1つと、複数のモードの各々との組み合わせに応じて複数の画像処理の各々の設定値が定められた設定情報を記録する設定情報記録部462と、取得部47が取得した識別情報および観察光情報の少なくとも1つと、設定情報記録部462が記録する設定情報と、に基づいて、画像処理部42に実行させる複数の画像処理の各々の設定値を設定する設定部491と、を備える。