本发明公开了一种植物叶绿体发育相关蛋白及其编码基因与应用。该蛋白,是具有下述氨基酸残基序列之一的蛋白质:1)序列表中的SEQ ID №.1的氨基酸残基序列;2)将序列表中的SEQ ID №.1氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且具有植物叶绿体发育相关功能的由SEQ ID №:1衍生的蛋白质。该水稻叶绿体发育相关蛋白的编码基因被破坏可导致植物叶片白化,将其应用于植物遗传改良等工作,是重要的指示基因,如可作为目的基因应用于水稻育种材料不育系当中,以改变叶片的叶色,用于水稻两系杂交稻制种或遗传育种。