SOLUTION: A cylindrical connection part 21 provided in an isolator 2 (a sterile room) is covered with a cover 22 made of a flexible material (a), a front opening part 11a of an aseptic transport container 4 is attached to the connection part 21 (b). An inner bag 12 (a partition body) and the cover 22 of the aseptic transfer container 4 are drawn into an internal space S2 of the isolator 2 (c), the cover 22 and the inner bag 12 are welded in a polymerized state (d). Further, the welded cover 22 and the welded part M of the inner bag 12 are cut at a substantially central part thereof (e), the coating C (a non-weldable part) provided on the inner bag 12 separates the inner bags 12 and allows the isolator 2 and the aseptic transfer container 4 to communicate with each other (f).EFFECT: The present invention provides a cheap and disposable aseptic transport container, and a connecting method of the aseptic transport container capable of a communication between an aseptic room and an aseptic transport container without decontamination.SELECTED DRAWING: Figure 3【解決手段】 アイソレータ2(無菌室)に設けた筒状の接続部21を可撓性を有する素材からなるカバー22によって覆い(a)、無菌搬送容器4の前方開口部11aを上記接続部21に装着する(b)。 上記無菌搬送容器4の内袋12(仕切体)および上記カバー22を上記アイソレータ2の内部空間S2に引き込み(c)、上記カバー22と内袋12とが重合された状態でこれらを溶着する(d)。 さらに、上記溶着したカバー22および内袋12の溶着部分Mをその略中央部分で切断する(e)と、上記内袋12に設けたコーティングC(溶着不能部分)に内袋12同士が離隔して、アイソレータ2と無菌搬送容器4とが連通する(f)。【効果】 本発明は安価で使い捨て可能な無菌搬送容器を提供するとともに、除染を行うことなく無菌室と無菌搬送容器とを連通させることが可能な無菌搬送容器の接続方法を提供する。【選択図】 図3