本发明属于分子生物学领域,涉及一种分子标记,具体地,涉及一种与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记,该分子标记含有SEQ ID NO:1所示序列。本发明还涉及扩增该分子标记的引物对、该分子标记的检测方法、该分子标记或者该引物对在谷子辅助育种或者谷子米粒颜色基因定位或检测中的用途、谷子辅助育种方法、筛选该分子标记的方法。本发明所提供的分子标记将基因组DNA序列与谷子米粒颜色基因联系起来,有利于谷子分子标记辅助育种体系的建立;所述分子标记与谷子米粒颜色基因的遗传紧密连锁距离为1cM。本发明的分子标记及分子标记扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于谷子育种实践和资源及品种鉴定。