The present invention relates to methods and compositions for modulating gastrointestinal microflora of a canine. In one embodiment, a method of modulating gastrointestinal microflora in a canine can comprise administering to the canine a pet food composition comprising from about 25% to about 60% protein, from about 5% to about 30% carbohydrates, fat, and fiber; where after administration, the Bacteroidetes to Firmicutes (B/F) ratio of the canine is less than 0.8.La presente invención se refiere a métodos y composiciones para modular la microflora gastrointestinal de un canino. En una modalidad, un método para modular la microflora gastrointestinal en un canino puede comprender administrar al canino una composición alimenticia para mascotas que comprende de aproximadamente 25 % a aproximadamente 60 % de proteína, de aproximadamente 5 % a aproximadamente 30 % de carbohidratos, grasa y fibra; donde después de la administración, la relación de Bacteroidetes a Firmicutes (B/F) del canino es menor que 0.8.