The invention relates to a novel enzyme composition comprising Aspergillus oryzae prolyl endopeptidases having unique catalytic properties. The invention further relates to methods for producing the enzyme composition as well as a pharmaceutical composition and a food supplement containing the enzyme composition and its use in the degradation of polypeptides. The invention further relates to fungus Aspergillus oryzae strains deposited under accession number IHEM 26503 and IHEM 26504.La présente invention concerne une nouvelle composition enzymatique comprenant des prolyl-endopeptidases d'Aspergillus oryzae présentant des propriétés catalytiques uniques. La présente invention concerne en outre des procédés de production de la composition enzymatique ainsi qu'une composition pharmaceutique et un complément alimentaire contenant la composition enzymatique et son utilisation dans la dégradation de polypeptides. L'invention concerne en outre des souches fongiques d'Aspergillus oryzae déposées sous le numéro d'entrée IHEM 26 503 et IHEM 26 504.