The present invention refers to an improved process for purifying the modified complex of benzalkonium chloride and diallyl disulphide oxide obtained from natural extracts of allicin resulting from garlic combined with benzalkonium chloride and carbamide, which may be used for formulating different pharmaceutical, ophthalmic, topic, disinfectant or antiseptic compositions without forming flocs with time and storage. The modified and purified complex of benzalkonium chloride and diallyl disulphide oxide has the following structural formula.La presente invención se refiere un procedimiento mejorado para purificar del complejo de cloruro de benzalconio-dialil óxido de disulfuro modificado obtenido de extractos naturales allicin proveniente del ajo en combinación con cloruro de benzalconio y carbamida que puede ser usado para formular diversas composiciones seleccionadas de farmacéuticas, oftálmicas, tópicas, desinfectantes o antisépticas, sin formar floculos al pasar el tiempo y estar en reposo o almacenadas. El complejo de cloruro de benzalconio-dialil óxido de disulfuro modificado y purificado tiene la siguiente formula estructural.