Specific peptides are provided, and derived ionization characteristics of those peptides, from the Hepatocyte Growth Factor Receptor (cMET) protein. The peptides are particularly and surprisingly advantageous for quantifying by the method of Selected Reaction Monitoring (SRM) mass spectrometry the cMET protein directly in biological samples that have been fixed in formalin, or what can also be termed as Multiple Reaction Monitoring (MRM) mass spectrometry. Such biological samples are chemically preserved and fixed where the biological sample is selected from tissues and cells treated with formaldehyde containing agents/fixatives including: formalin-fixed tissue/cells； formalin-fixed/paraffin embedded (FFPE) tissue/cells； FFPE tissue blocks and cells from those blocks； and tissue culture cells that have been formalin fixed and or paraffin embedded. A protein sample is prepared from the biological sample using the Liquid Tissue&trade； reagents and protocol and the cMET protein is quantitated in the Liquid Tissue&trade； sample by the method of SRM/MRM mass spectrometry by quantitating in the protein sample at least one or more of the peptides described. These peptides can be quantitated if they reside in a modified or an unmodified form. An example of a modified form of a cMET peptide is phosphorylation of a tyrosine, threonine, serine, and/or other amino acid residues within the peptide sequence.肝細胞増殖因子受容体（ｃＭＥＴ）タンパク質からのあるペプチド、およびそれらのペプチドの誘導されたイオン化特性が提供される。本ペプチドは、質量分析に基づいた選択反応モニタリング（Ｓｅｌｅｃｔｅｄ Ｒｅａｃｔｉｏｎ Ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ：ＳＲＭ）質量分析の方法によって、ホルマリン中で固定化された生物学的試料中、直接ｃＭＥＴタンパク質を定量するために有益であり、また多重反応モニタリング（Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｒｅａｃｔｉｏｎ Ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ：ＭＲＭ）質量分析とも呼ばれる。そのような生物学的試料は、化学的に保存および固定化され、そこで、生物学的試料は、ホルマリン固定組織／細胞、ホルマリン固定／パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織／細胞、ＦＦＰＥ組織ブロックおよびこれらのブロックからの細胞、およびホルマリン固定され、パラフィン包埋された組織培養細胞を含む、ホルマリン含有試薬／固定剤で処理した組織および細胞から選択される。
