本发明公开了一种治疗HPV16和HPV18病毒的融合蛋白及其制备方法,旨在提供一种制备方法简单,可有效治疗HPV16和HPV18病毒的融合蛋白;其技术要点:所述的融合蛋白TALEs-ScPvuII-HPV18基因序列如SEQ ID NO:1所示;所述的融合蛋白TALEs-ScPvuII-HPV161-3的基因序列如SEQ ID NO:2-4所示;其制备方法为:1)靶位点的筛选;2)PET16b-TALEs-ScPvuII-HPV18和PET16b-TALEs-ScPvuII-HPV161-3原核表达载体的构建;3)TALEs-ScPvuII-HPV18和TALEs-ScPvuII-HPV161-3蛋白的表达与纯化。