本发明公开了一种诊断马流感病毒(EIV)和鉴定其亚型的多重RT-PCR方法,包括:以待检样品RNA为模板,以SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2,SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4两组核苷酸序列为多重引物进行RT-PCR反应;如果从样品中只扩增出了227bp的产物,则该样品为EIV的H7N7亚型;如果同时扩增出了227bp和595bp的产物,则该样品为EIV的H3N8亚型;如果未扩增出227bp的产物,则该样品不含有EIV。本发明根据RT-PCR技术原理,根据EIV只有两种HA亚型的特点,建立了多重RT-PCR检测方法,其敏感性强、特异性高,可以用于EIV的快速诊断和亚型鉴定。