本发明属于基因工程领域,具体公开了一种水稻HTD5基因/其突变体及其编码蛋白与应用。所述水稻HTD5基因的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,其编码的蛋白的氨基酸序列如SEQ ID No.3所示。该基因的突变体htd5(high‑tillering dwarf 5)和野生型淮稻5号(HD5)相比,其株高变矮、分蘖数目增加,同时根长变短、不定根数目增加。HTD5基因作为半显性基因直接调控水稻的株高和分蘖数目,而株高和分蘖数目是构成水稻株型结构的两个重要农艺性状,因此HTD5基因有望应用于水稻株型的定向设计,并可作为重要基因的资源,有助于水稻产量的提高。