本发明涉及一种水稻叶片糖积累相关基因SAC1及其SAC1突变基因和应用,其中水稻叶片糖积累相关基因SAC1的核苷酸序列如SEQ ID No.13所示,氨基酸序列如SEQ ID No.14所示,而SAC1突变基因与野生型相比在编码框第1238位碱基由G转换为A,导致第413位的编码氨基酸由精氨酸(Arg)变异为赖氨酸(Lys),该基因突变后的水稻SAC1突变体在全生育期叶片上部均呈现黄绿色及提前衰老,并且植株矮化,遗传分析发现该性状为显性性状,能够将此性状作为分子标记进行田间除杂和种子纯度鉴定,对水稻的遗传育种具有重要意义。