The present invention relates to an enzymatic process for removing sulfite. In particular, the present invention relates to a process for converting sulfite present in a thiosulfate composition comprising introducing into said composition 3-mercaptopyruvate sulfurtransferase (3-MST) and a substrate of said 3-mercaptopyruvate sulfurtransferase. The present invention finds applications in particular in the pharmaceutical, cosmetic, food, chemical and any field involving the use of sulfite. La présente invention se rapporte à un procédé enzymatique d'élimination du sulfite. En particulier, la présente invention se rapporte à un procédé de transformation du sulfite présent dans une composition en thiosulfate comprenant l'introduction dans ladite composition de 3-mercaptopyruvate sulfurtransférase (3-MST) et d'un substrat de ladite 3-mercaptopyruvate sulfurtransférase. La présente invention trouve des applications notamment dans le domaine pharmaceutique, cosmétique, agroalimentaire, chimique et tout domaine impliquant l'utilisation de sulfite.