Highly-purified soluble thrombomodulin which has a content of host cell-originated proteins being in a ratio of less than 10 ng of the proteins per 10,000 U of the soluble thrombomodulin, wherein the soluble thrombomodulin is produced by a transformant cell obtained by transfecting a host cell with a DNA containing a nucleotide sequence encoding the soluble thrombomodulin.본 발명은, 가용성 트롬보모듈린을 코드하는 염기 서열을 포함하는 DNA를 숙주 세포로 트랜스펙트하여 얻어진 형질 전환 세포에 의해 생성되는 가용성 트롬보모듈린으로서, 숙주 세포 유래 단백질의 함유율이 가용성 트롬보모듈린 10,000 U에 대하여 10 ng 미만의 비율인 고순도 가용성 트롬보모듈린에 관한 것이다.