The present invention relates to a manufacturing method of enteric coated soft capsule composition containing purified fish oil, which comprises i) a step of manufacturing a soft capsule using purified fish oil as a content solution and gelatin as a main agent; and ii) a step of surface-treating the soft capsule film with an enteric coating solution containing 0.1-10 weight% of hydroxypropylmethyl cellulose phthalate, 0.02-2 weight% of triacetin, and ethanol and purified water, and a composition thereof.본 발명은 ⅰ) 정제어유를 내용액으로 하고 젤라틴을 주기제로 사용한 연질캡슐을 제조하는 단계; 및 ⅱ) 상기 연질캡슐 피막에 프탈산 히드록시프로필메틸 셀룰로오스 0.1∼10 중량%, 트리아세틴 0.02∼2 중량% 및 에탄올과 정제수를 함유하는 장용성 코팅액으로 연질캡슐 피막을 표면 처리하는 단계;로 이루어진 정제어유 함유 장용성 연질캡슐 조성물의 제조 방법 및 그 조성물에 관한 것이다.