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一种区分鲤群体的单核苷酸多态性分子标记集的构建方法
- 专利权人:
- 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心
- 发明人:
- 苏胜彦,董在杰
- 申请号：
- CN201710564528.5
- 公开号：
- CN107862177A
- 申请日:
- 2017.07.12
- 申请国别(地区):
- 中国
- 年份:
- 2018
- 代理人:
- 孙昱
- 摘要：
- 本发明公开了一种区分鲤群体的单核苷酸多态性分子标记集的构建方法，先从NCBI数据库下载鲤重测序序列，通过组装软件进行重新组装；再将下载的鲤重测序序列从SRA格式转换为FASTQ格式，然后以重新组装的序列作为参考序列，进行mapping，获得原始VCF文件；在原始VCF文件的基础上进行分子标记的筛选；筛选后的VCF文件通过R3.1.14软件的SNPRelate包分别绘制系统进化树，比较筛选前后的鉴定效果，得到区分鲤群体的单核苷酸多态性分子标记集。本发明方法得到的单核苷酸多态性分子标记集可用于鉴别多个鲤品种的单核苷酸多态位点集，也可用于基于基因组高通量数据的选择性清除分析。
- 来源网站：
- 中国工程科技知识中心
- 来源网址：
- http://www.ckcest.cn/home/
