Methods for using gluten intolerance and related diseases, such as compositions comprising nepentin or derivatives thereof, and food and nepentin or derivatives thereof, for the modulation of Celiac disease, are provided herein. Further methods are provided herein for using pharmaceutical compositions comprising neptentin or derivatives thereof and neptentin or derivatives thereof to treat bacteria of the gastrointestinal tract, for example, clostridium difficile or Helicobacter pylori infection . Recombinant nepenthesin I or nepenthesin II, or homologous proteins, and methods of making them are further provided herein.글루텐 불내증 및 관련 질병, 예를 들어, 셀리악 병을 조절하기 위해 네펜테신 또는 이것의 유도체를 포함하는 조성물, 식품 및 네펜테신 또는 이것의 유도체를 사용하는 방법이 본원에서 제공된다. 위장관의 박테리아, 예를 들어, 클로스트리듐 디피실레 또는 헬리코박터 파이로리 감염을 치료하기 위해 네펜테신 또는 이것의 유도체를 포함하는 약학적 조성물 및 네펜테신 또는 이것의 유도체를 사용하는 방법이 본원에서 더 제공된다. 재조합 네펜테신 I 또는 네펜테신 II, 또는 상동성 단백질, 및 이것들을 만드는 방법이 본원에서 더 제공된다.