本发明提供水稻育性恢复基因辅助育种分子标记,所述分子标记是分别与水稻育性恢复基因Rf3及Rf4共分离的SNP标记RSRF30121、FRF4‑10‑01。标记RSRF30121检测水稻第1号染色体5606898位碱基,标记FRF4‑10‑01检测水稻第10号染色体18838172位碱基;基于KASP技术开发的标记RSRF30121的引物序列如SEQ ID NO:1‑3所示;基于KASP技术开发的标记FRF4‑10‑01的引物序列如SEQ ID NO:4‑6所示。本发明还提供SNP标记RSRF30121、FRF4‑10‑01在水稻育性恢复基因辅助选择育种中的应用。采用本发明的标记组合能够快速鉴定水稻是否含有育性恢复基因,对促进Rf3和Rf4育性恢复基因在商业化育种中的应用具有重要意义。