本发明提供了丁香假单胞菌黄瓜致病变种黄瓜株系Padlock探针及应用,申请人通过将丁香假单胞菌黄瓜致病变种黄瓜株系与其他细菌的序列用软件进行序列比对,选取核苷酸特异部分为Padlock探针为T2端,靠近T2端的作为T1端,设计了一条特异性极好的Padlock探针,其核苷酸序列为SEQ ID NO.1所示。该探针可显著区分与丁香假单胞菌黄瓜致病变种黄瓜株系核苷酸序列极相似的丁香假单胞菌黄瓜致病变种甜瓜株系,同时与其他类别的菌株也能显著区分,且检测限达到了100fg/μL。检测方法可靠、灵敏度高、特异性强。可广泛适用于口岸检验检疫、农业生产、植物保护。