本发明提供了一种少动鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas sp.)的β-胡萝卜素羟化酶基因(crtZ)和2,2′-β羟化酶基因(crtG)的DNA序列和该两种酶缺失的重组菌株、2,2′-β羟化酶缺失的重组菌株及其这两株菌株的应用。所述crtZ基因具有SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列;crtG)基因具有SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。本发明提供的少动鞘氨醇单胞菌β-胡萝卜素羟化酶基因和2,2′-β羟化酶基因的DNA序列为少动鞘氨醇单胞菌类胡萝卜素生物合成途径进行遗传改造奠定基础。另外,本发明通过基因敲除的方法构建的少动鞘氨醇单胞菌重组菌株与野生型菌株相比,结冷胶产量基本不变,可以在发酵产结冷胶的同时联产β-胡萝卜素或玉米黄质。同时,该菌株还可以应用于进一步的基因敲除或代谢工程改造。