Embodiments of a method and system for microbial pharmacogenomics can include: a sample handling system operable to collect containers including biological samples from a set of users, the handling system including a sequencing system operable to determine microorganism sequences from the biological samples； a microbiome characterization system operable to: determine microbiome pharmacogenomics data based on the microorganism sequences, collect supplementary data associated with the antibiotics- associated condition for the set of users, and transform the supplementary data and features extracted from the microbiome pharmacogenomics data into a characterization model associated with the antibiotics-associated condition； and a treatment system operable to promote a treatment to the user for the antibiotics-associated condition based on characterizing user biological material with the characterization model in relation to the antibiotics-associated condition.Des modes de réalisation d'un procédé et d'un système pour la pharmacogénomique microbienne peuvent comprendre : un système de manipulation d'échantillons opérationnel pour collecter des conteneurs comprenant des échantillons biologiques provenant d'un ensemble d'utilisateurs, le système de manipulation comprenant un système de séquençage opérationnel pour déterminer des séquences de micro-organismes à partir des échantillons biologiques ； un système de caractérisation de microbiome opérationnel pour : déterminer des données de pharmacogénomique de microbiome sur la base des séquences de micro-organisme, collecter des données supplémentaires associées à l'état associé aux antibiotiques pour l'ensemble d'utilisateurs, et transformer les données et caractéristiques supplémentaires extraites des données de pharmacogénomique du microbiome dans un modèle de caractérisation associé à l'état associé aux antibiotiques ； et un système de traitement opérationnel pour favoriser un traitement de l'utilisateur pour l'état asso
