The present invention relates to an improved method for detoxifying gluten proteins from cereal grains which makes it possible to obtain detoxified flours with a reduction of the antigenicity of the toxic epitopes of the gluten proteins by up to a range between 0 and 20 ppm and such that they can be advantageously used for the preparation of food products (e.g. bakery products, pasta or dairy products) having a manifest preventive and/or therapeutic effect for gut dysbiosis caused by bacterial or viral infective agents or by pathologies with a strong inflammatory or autoimmune component such as celiac disease, ulcerative colitis, Crohn's disease and irritable intestine syndrome.La présente invention concerne un procédé amélioré de détoxification de protéines de gluten à partir de graines de céréales, qui permet d'obtenir des farines détoxifiées avec une réduction de l'antigénicité des épitopes toxiques du des protéines du gluten jusqu'à une plage comprise entre 0 et 20 ppm et de sorte qu'elles peuvent être utilisées avantageusement pour élaborer des produits alimentaires (par exemple des produits de boulangerie, des pâtes ou des produits laitiers) présentant un effet prophylactique et/ou thérapeutique manifeste pour une dysbiose intestinale provoquée par des agents infectieux bactériens ou viraux ou par des pathologies à fort composant inflammatoire ou auto-immunes, telles que la maladie coeliaque, la colite ulcéreuse, la maladie de Crohn et le syndrome de l'intestin irritable.