The present invention relates to a method for determining the probiotic/paraprobiotic activity of a composition comprising microorganisms, in particular bacteria, said method being based on evaluating, by metagenomic analysis, the qualitative and/or quantitative change in faecal microbiota following intake of the composition. Moreover, the present invention relates to a kit for carrying out said method.La presente invención se refiere a un método para determinar la actividad probiótica/paraprobiótica de una composición que comprende microorganismos, en particular bacterias, dicho método basándose en la evaluación, mediante análisis metagenómico, del cambio cualitativo y/o cuantitativo de la microbiota fecal como consecuencia de consumir la composición. Además, la presente invención se refiere a un kit para llevar a cabo dicho método.