本发明公开了一种扬子鳄抗菌肽Alligatorin6及其氨基酸序列和在抗菌方面的应用。本发明的抗菌肽Alligatorin6是通过检索扬子鳄基因数据库,筛选分析获得抗菌肽成熟肽序列,其氨基酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示。通过分析对比,该扬子鳄抗菌肽Alligatorin6与目前已知所有抗菌肽的氨基酸序列存在明显差异,属于一种新型抗菌肽。通过抗菌实验表明,本发明的扬子鳄抗菌肽Alligatorin6对革兰氏阳性细菌和革兰氏阴性细菌具有极强的抗菌活性,抗菌作用广谱高效,此外具有溶血活性低、盐耐受性、热耐受性和热稳定性好的特点,可应用于医药、化妆品、食品保鲜和养殖业领域。