The present invention provides polypeptides having protease activity for use in the treatment or prevention of microbial infections in a subject with or susceptible to immunodeficiency. For example, the polypeptide may be administered as a mouth spray, nasal spray, lozenge, pastille, chewing gum or liquid to treat or prevent microbial infections in a patient with primary immunodeficiency. In particular, the polypeptides are useful in the treatment or prevention of rhinorrhea and/or fungal infection of the oral cavity and/or gum sores. In one embodiment, the polypeptide is a trypsin enzyme from Atlantic cod, or a fragment or variant thereof.La presente invención proporciona polipéptidos que tienen actividad de proteasa para su uso en el tratamiento o la prevención de infecciones microbianas en un sujeto con o susceptible a inmunodeficiencia. Por ejemplo, el polipéptido puede administrarse como un espray bucal, un espray nasal, una pastilla para chupar, una pastilla, un chicle o un líquido para tratar o prevenir infecciones microbianas en un paciente con inmunodeficiencia primaria. En particular, los polipéptidos son útiles en el tratamiento o la prevención de rinorrea y/o infección fúngica de la cavidad bucal y/o de llagas en la encía. En una realización, el polipéptido es una enzima tripsina procedente de bacalao del Atlántico, o un fragmento o una variante de la misma.