本发明公开一种用于检测羊巴贝斯虫未定种、莫氏巴贝斯虫LZ亚种和莫氏巴贝斯虫NB亚种的方法及检测试剂盒。本发明的检测方法是以羊巴贝斯虫血小板反应蛋白相关匿名蛋白TRAP基因为检测标识。本发明的可检测多种羊巴贝斯虫的试剂盒,其特征在于试剂盒中包括有SEQ ID No.1、SEQ ID No.2、SEQ ID No.3、SEQ ID No.4、SEQ ID No.5、和SEQ ID No.6六条引物。本发明以TRAP为检测标识,其种/亚种间差异较大,检测灵敏度优于现有技术,而且本发明的试剂盒可在一个PCR反应中同时扩增多个目标DNA分子,从而实现在同一样本中同时鉴别检测多种微生物的目的。相比其他分子检测技术,该方法操作简单、快速,不仅具有高效性,而且节约成本,适用于病原的快速检测,使其可以很快成为科研、临床诊断的热点技术。