The disclosure generally provides a method of balancing microbiome and/or improving nutrient absorption, treating gut inflammation, and/or balancing the level of Firmicutes and Bacteroidetes in the gut of a subject in need thereof, the method comprising consumption by, or administration to the subject of a composition comprising a nutrient in combination with a probiotic composition comprising (i) an isolated non-pathogenic fungal strain and (ii) an isolated non-pathogenic bacterial strain.L'invention concerne de manière générale une méthode qui permet d'équilibrer le microbiome et/ou d'améliorer l'absorption de nutriments, de traiter l'inflammation intestinale et/ou d'équilibrer le niveau de Firmicutes et de Bacteroidetes dans l'intestin du patient qui en a besoin, la méthode comprenant la consommation par le patient, ou l'administration au patient, d'une composition comprenant un nutriment associé à une composition probiotique comprenant (i) une souche fongique non pathogène isolée et (ii) une souche bactérienne non pathogène isolée.