本发明公开了与辣椒抗黄瓜花叶病毒病基因qcmv-2-1连锁的分子标记及其应用。一种与辣椒黄瓜花叶病毒病抗性基因qcmv-2-1连锁的分子标记,通过引物对InDel-2-134F/InDel-2-134R扩增辣椒基因组DNA,获得的230bp的扩增片段为所述的与辣椒黄瓜花叶病毒病抗性基因qcmv-2-1连锁的分子标记;其中,InDel-2-134F序列如SEQ ID NO.1所示,InDel-2-134R序列如SEQ ID NO.2所示。本文发明利用Indel标记和QTL‐Seq技术筛选得到的与qcmv‐2‐1抗性基因连锁的Indel分子标记及对应的引物,标记带型简单,可直接用于标记辅助选择。