A polynucleotide encoding a polypeptide domain of 2 or more, a fusion protein comprising a polypeptide linker linking them, sequence of the polynucleotide encoding the polypeptide linker, wherein the host cell in which the polynucleotide is introduced is selected such that when the mRNA transcribed from the polynucleotide is translated, the translation rate of the region of the mRNA encoding the polypeptide linker is slower than the rate of translation region of the mRNA encoding a polypeptide domain immediately upstream polynucleotide which is characterized in that is disclosed. Moreover, culturing a host cell the host cell, as well as recovering the fusion protein produced was transformed with this vector and the vector was inserted polynucleotide of the present invention described above as capable of expression in said host cell method for producing a fusion protein characterized in that also provided.2以上のポリペプチドドメインと、これらを連結するポリペプチドリンカーからなる融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドであって、前記ポリペプチドリンカーをコードするポリヌクレオチドの配列は、前記ポリヌクレオチドが導入された宿主細胞において前記ポリヌクレオチドから転写されたmRNAが翻訳される際に、ポリペプチドリンカーをコードするmRNAの領域の翻訳速度がそのすぐ上流側のポリペプチドドメインをコードするmRNAの領域の翻訳速度より遅くなるよう選択されることを特徴とするポリヌクレオチドが開示される。また、上述の本発明のポリヌクレオチドが前記宿主細胞において発現可能なように挿入されたベクターおよびこのベクターにより形質転換された宿主細胞、ならびにこの宿主細胞を培養し、産生された融合タンパク質を回収することを特徴とする融合タンパク質の製造方法も提供される。
