本发明公开了转录因子DoWRKY69或其编码基因在调控植物种子在盐胁迫下萌发中的应用。转录因子DoWRKY69或其编码基因DoWRKY69在调控植物种子在盐胁迫下萌发中的应用,所述的转录因子DoWRKY69的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明从铁皮石斛类原球茎中克隆得到的属于铁皮石斛WRKY转录因子DoWRKY69的编码基因WRKY转录因子基因DoWRKY69,WRKY转录因子DoWRKY69作为正调控因子参与了在盐胁迫下植物种子的萌发,通过转基因及功能鉴定证实超量表达WRKY转录因子DoWRKY69,转基因种子在盐胁迫下萌发率提高。因此,WRKY转录因子WRKY69或其编码基因在抗盐作物品种选育过程中具有重要的理论意义及应用价值。