The positions of orthodontic appliances such as brackets and buccal tubes on a patients teeth are determined using digital data that represents the shapes of the patients teeth. Certain landmarks of the teeth such as the marginal ridges are determined using software, and the software adjusts positions of the virtual appliances on the teeth as needed in order to bring the marginal ridges into proper alignment at the conclusion of treatment. The resulting positions are optionally used to determine the location of the appliances in an indirect bonding apparatus such as a transfer tray.患者の歯群の形状を表すデジタルデータを使用して、患者の歯群におけるブラケット及びバッカルチューブのような歯科矯正装具の位置を決定する。ソフトウェアを使用して辺縁隆線のような歯群の特定のランドマークが決定され、このソフトウェアは、歯群上の仮想装具の位置を必要に応じて調整して、処置完了時に、辺縁隆線の適切な整列をもたらす。その結果得られる位置を所望により使用して、トランスファートレイのようなインダイレクトボンディング装置における装具の位置を決定する。