本发明涉及酪氨酸蛋白激酶JAK2基因中与猪抗蓝耳病相关的SNP标记及其应用,所述与猪抗蓝耳病相关的SNP标记位于猪的酪氨酸蛋白激酶JAK2基因上,所述SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,其中,该序列的81bp、115bp、151bp和264bp四处碱基分别为T、A、G和A的待测猪为易感蓝耳病猪品种,而这四处碱基分别为C、G、A和T的待测猪为抗蓝耳病猪品种。本发明提供的分子遗传标记不受猪的年龄、性别等限制,可用于抗蓝耳病猪品种的早期选育,甚至在猪刚出生时就可准确地进行筛选,可大大加快抗蓝耳病猪的育种进程;筛选方法准确,操作简单,成本低,效率高。