本发明从米曲霉中提取新的重组脯氨酰二肽基肽酶(DPP Ⅳ),包括SEQ ID NO:2从氨基酸1到氨基酸755的氨基酸序列或其功能衍生物,并提供对以X-Pro起始的蛋白和肽的高水平水解特异性从而释放X-Pro型的二肽,其中X可为任意氨基酸。本发明还提供根据本发明编码该酶的DNA分子及通过重组技术表达本发明的酶的细胞,提供脯氨酰二肽基肽酶活性的曲霉(Aspergillus),可与指导编码脯氨酰二肽基肽酶活性的基因表达的曲霉的天然启动子的多拷贝结合;以及具脯氨酰二肽基肽酶活性的曲霉,其活性可被基因工程操作,使dpp Ⅳ基因失活。本发明提供生产本发明的酶的方法,包括在细胞表达此酶的条件下在合适的生长培养基中培养本发明的细胞,以及选择性以浓缩物的形式分离酶。本发明提供应用本发明的细胞或酶水解包含蛋白的原料的应用方法。本发明提供具有脯氨酰二肽基肽酶的细胞或酶与至少一种具有脯氨肽酶活性的酶联合共用以水解包含蛋白的物质的应用方法。最后一方面,本发明提供一种食物产品,包括可从发酵获得的蛋白水解产物,发酵过程中至少有一种微生物当其在含1%(w/v)小麦谷蛋白的基本培养基中生长时,提供超过每毫升50mU的脯氨酰二肽基肽酶活性。