本发明涉及分子育种技术领域,特别涉及一种亚麻中与全生长日数相关联的SSR分子标记和应用。该SSR分子标记是由序列如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示引物扩增得到的SSR分子标记、由序列如SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示引物扩增得到的SSR分子标记或由序列如SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示引物扩增得到的SSR分子标记中的一种或几种。本发明3个分子标记在124份亚麻核心种质资源中均表现出与全生长日数呈现显著性关联,是稳定存在的全生长日数主效应位点,可以直接将本发明所提供的引物应用于筛选优良种质、基因定位和克隆以及分子标记辅助育种。