A method for purification of complement Factor H from a complement Factor H containing source such as blood or blood plasma, in particular a caprylate precipitate of a Factor H containing source, which is e.g. obtained by addition of caprylate ions to fractions of blood or plasma, comprising the steps of: a) providing a Factor H containing source, in particular reconstitution of caprylate precipitate to provide a complement Factor H containing solution b) performing a cation exchange chromatography in particular as first chromatographic step c) performing an anion exchange chromatography d) performing a hydroxyl apatite chromatography e) followed by ultra/diafiltration to obtain a complement Factor H concentrate.하기 단계를 포함하는, 혈액 또는 혈장과 같은 보체 인자 H 함유 소스(source), 특히, 예를 들면, 혈액 또는 혈장의 분획에 카프릴레이트 이온을 첨가하는 것에 의해 수득된 인자 H 함유 소스의 카프릴레이트 침전물(caprylate precipitate)로부터 보체 인자 H를 정제하는 방법: a) 인자 H 함유 소스, 특히, 카프릴레이트 침전물의 재구성물(reconsitution)을 제공하여, 보체 인자 H 함유 용액을 제공하는 단계b) 양이온 교환 크로마토그래피, 특히, 제1 크로마토그래피 단계로서 양이온 교환 크로마토그래피를 수행하는 단계 c) 음이온 교환 크로마토그래피를 수행하는 단계 d) 히드록시 아파타이트(hydroxyl apatite) 크로마토그래피를 수행하는 단계 및e) 뒤이어 한외여과/정용여과를 수행하여 보체 인자 H 농축물을 수득하는 단계.