Various aspects and embodiments of the invention are directed to methods and compositions for reversing antibiotic resistance or virulence in and/or destroying pathogenic microbial cells such as, for example, pathogenic bacterial cells. The methods include exposing microbial cells to a delivery vehicle with at least one nucleic acid encoding an engineered autonomously distributed circuit that contains a programmable nuclease targeted to one or multiple genes of interest.Divers aspects et modes de réalisation de l'invention concernent des procédés et des compositions permettant d'inverser la résistance antibiotique ou la virulence et/ou à détruire des cellules microbiennes pathogènes telles que, par exemple, des cellules bactériennes pathogènes. Les procédés consistent à exposer des cellules microbiennes à un véhicule d'administration avec au moins un acide nucléique encodant un circuit créé et distribué de manière autonome qui contient une nucléase programmable ciblant un ou plusieurs gènes d'intérêt.