本发明涉及棉花尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶基因UGD6、其编码蛋白及应用。棉花尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶具有如SEQ ID No.2所示的氨基酸序列或该序列经替换、缺失或添加一个或几个氨基酸且具有同等功能的由SEQ ID NO.2衍生的氨基酸序列。棉花尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶基因具有如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列。通过研究该基因在纤维发育不同时期的表达模式及转化拟南芥,表明该基因在形成细胞壁纤维素和半纤维素前体物中起着重要作用,而这些物质又直接参与棉纤维的形成,因此该基因为棉纤维品质改良提供了新的候选基因,具有重大的应用价值。