本发明公开了一种杂交鹅掌楸LhPIN3基因及其应用,该杂交鹅掌楸LhPIN3基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明在建立成熟的杂交鹅掌楸体胚发生体系的基础上,克隆生长素运输蛋白基因LhPIN3,通过表达分析,证明了杂交鹅掌楸的LhPIN3基因在杂交鹅掌楸体胚发生过程中对胚性细胞发育和体胚苗生长有较大的影响,其过表达试验发现LhPIN3的过表达会影响植株的生长发育,另外LhPIN3的表达还可以部分拯救拟南芥LhPIN3基因功能完全丧失的pin1突变体,使其恢复表型,开花并结出荚果,因此可应用于植物体胚发生、不定根诱导、不定芽的诱导和分化等,具有很好的应用前景。