A system and method for co-registering image data includes generating a reference state model defined by deformable and non-deformable surfaces of a region of interest (ROI) of a patient. The reference state model is generated by identifying a deformable surface in a first image representing the ROI in a reference position, with the location of one or more anatomical reference points on the deformable surface tracked using at least one surface marker. Deformable and non-deformable surfaces of the ROI are identified within a medical image representing the ROI in a deformed position relative to the reference position. The non-deformable surface in the medical image is registered to positional coordinates of anatomical reference point(s) within the reference state model. The position of a target pixel in the medical image is projected to the reference state model based on a relative location of the target pixel between the deformable and non-deformable surfaces.L'invention concerne un système et un procédé pour co-enregistrer des données d'image, consistant à générer un modèle d'état de référence défini par des surfaces déformable et non-déformable d'une région d'intérêt (ROI) d'un patient. Le modèle d'état de référence est généré en identifiant une surface déformable dans une première image représentant la ROI dans une position de référence, l'emplacement d'un ou plusieurs points de référence anatomiques sur la surface déformable étant suivi à l'aide d'au moins un marqueur de surface. Des surfaces déformable et non-déformable de la ROI sont identifiées dans une image médicale représentant la ROI dans une position déformée par rapport à la position de référence. La surface non-déformable dans l'image médicale est enregistrée en coordonnées de position d'un ou plusieurs points de référence anatomiques dans le modèle d'état de référence. La position d'un pixel cible dans l'image médicale est projetée sur le modèle d'état de référence sur la base d'un emplacement relatif
