本发明提供一种经基因工程改造的金黄色葡萄球菌噬菌体裂解酶,该金黄色葡萄球菌噬菌体裂解酶的氨基酸序列如SEQ ID NO:1。本发明还公开了上述金黄色葡萄球菌噬菌体裂解酶的制备方法,具体包括如下步骤:(1)将SEQ ID NO:2所示核苷酸序列克隆到原核表达载体中,得到重组质粒;(2)将步骤(1)得到的重组质粒转化宿主菌,得到重组菌;(3)利用重组菌表达金黄色葡萄球菌噬菌体裂解酶;(4)纯化步骤(5)得到的金黄色葡萄球菌噬菌体裂解酶。本发明可以单独或与其他化合物复配使用,能够特异性的灭活多种金黄色葡萄球菌,为目前防控奶牛场中的金黄色葡萄球菌感染、尤其金黄色葡萄球菌导致的奶牛乳房炎提供一种安全、无毒副作用的酶制剂来源。