本发明公开了一种重组蛋白PACAP38-NtA及其编码基因与应用。该重组蛋白PACAP38-NtA的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。编码该重组蛋白PACAP38-NtA的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。将如SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列克隆至原核表达载体pET-3c中,转染到大肠杆菌BL21(DE3)中,得到表达重组蛋白PACAP38-NtA的菌株。本发明使用小型生物反应器发酵该菌株,使用常用的离子交换层析和镍柱亲和层析两步纯化法,操作简单,能获得高纯度的目的蛋白。获得的重组PACAP38-NtA融合蛋白能与层粘连蛋白特异性结合,能有效的促进神经元样细胞PC12进行增殖和分化,作用于小鼠角膜刮伤部位,能提高损伤部位的修复能力,可用于制备角膜损伤修复的药品。