本发明提供一种猪源抗菌肽的衍生肽IR2及其制备方法和应用。猪源抗菌肽的衍生肽IR2的序列如SEQ ID No.1所示。本发明采用定点氨基酸片段截取和二元氨基酸序列叠加的方法,截取猪源PG-1转角部位6个氨基酸片段,并将带电荷氨基酸精氨酸和疏水性氨基酸异亮氨酸作为重复二元序列单元对称循环排列于该转角的两侧,获得IR1和IR2抗菌肽。IR2的抑菌活性强于IR1。IR2的治疗指数高达43.2,是猪源抗菌肽PG-1的216倍。通过该方法,在提高抗菌肽杀菌活性的情况下,大大降低了抗菌肽的溶血活性,提高了抗菌肽在细菌细胞和哺乳动物细胞之间的选择性,提高了其成为抗生素替代物的发展潜力。