The present invention relates to a method for the preparation of a strain-adapted vaccine specific for a bacterial strain, comprising the steps of: (a) genetically engineering a bacterial strain obtained from a subject, wherein said genetic engineering comprises introducing a nucleic acid molecule encoding a fusion protein, wherein the fusion protein comprises a bacterial membrane protein fused to at least one affinity tag, (b) growing the genetically engineered bacterial strain obtained in step (a) in solution, (c) isolating membrane vesicles from the growth culture of step (b) by affinity purification using the affinity tag, and (d) formulating the membrane vesicles isolated in step (c) into a strain-adapted vaccine. The present invention further relates to a nucleic acid molecule encoding a fusion protein comprising a bacterial membrane protein fused to at least one affinity tag and a kit comprising said fusion protein.La présente invention concerne un procédé pour la préparation dun vaccin spécifiquement adapté à une souche bactérienne, comprenant les étapes suivantes : (a) modification génétique dune souche bactérienne obtenue à partir dun sujet, ladite modification génétique comprenant lintroduction dune molécule dacide nucléique codant pour une protéine de fusion, la protéine de fusion comprenant une protéine de membrane bactérienne fusionnée à au moins un marqueur daffinité, (b) la culture de la souche bactérienne génétiquement modifiée obtenue à létape (a) en solution, (c) isolation de vésicules membranaires à partir de la culture de croissance de létape (b) par purification par affinité à laide du marqueur daffinité, et (d) formulation des vésicules membranaires isolées à létape (c) en un vaccin adapté à une souche. La présente invention concerne en outre une molécule dacide nucléique codant pour une protéine de fusion comprenant une protéine de membrane bactérienne fusionnée à au moins un marqueur daffinité et un kit comprenant ladite protéine de fusion.