本发明公开了一种日本蛇根草异胡豆苷合成酶基因及其编码的蛋白质与用途，本发明所提供的日本蛇根草异胡豆苷合成酶基因具有SEQ ID No.1所示的核苷酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸的同源序列或其等位基因及其衍生的核苷酸序列。所述基因编码的蛋白质具有SEQ ID No.2所示的氨基酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个氨基酸的同源序列。本发明提供的异胡豆苷合成酶基因可以通过基因工程技术提高日本蛇根草或喜树等资源植物中抗癌成分喜树碱的含量，可用于利用转基因技术来提高喜树碱含量的研究和产业化中，有助于促进喜树碱药源严重匮乏问题的解决，具有很好的应用前景。
