The present invention relates to a method for controlling microcurrent device and a control system for treatment with microcurrent, and more particularly, to a control system for treatment with microcurrent which controls the microcurrent device with a mobile device such as a smart phone, transmits obtained information during a treatment and receives results based on the obtained information so as to apply to the microcurrent treatment. The said control method comprises steps of: manufacturing a circuit board in which the microcurrent treatment device is installed; setting a communication method for a mobile device on the circuit board; setting an operating method of the microcurrent device on the mobile device and operating the microcurrent treatment device; collecting and processing data from the operation of the microcurrent treatment device; and transmitting and saving the data. The microcurrent treatment device periodically generates microcurrent in a recognizable form. [Reference numerals] (P11) Manufacture a circuit board with a treatment device;(P12) Set communication;(P13) Set a mobile device;(P14) Operate a microcurrent treatment device;(P15) Collect and process data;(P16) Transmit and save the data본 발명은 미세전류 치료기의 제어 방법 및 미세전류 치료를 위한 제어 시스템에 관한 것이고, 구체적으로 스마트 폰과 같은 모바일 기기로 미세전류 치료기를 제어하고 그리고 치료 과정에서 얻어진 자료를 외부로 송신하고 그에 따른 결과를 수신하여 미세전류 치료에 적용하는 미세전류 치료를 위한 제어 시스템에 관한 것이다. 미세전류 치료기의 제어방법은 미세전류 치료기가 설치된 회로 보드를 제조하는 단계; 회로 보드에서 모바일 기기에 대한 통신 방법을 설정하는 단계; 모바일 기기에서 미세전류 치료기의 작동 방법을 설정하고 미세전류 치료기를 작동시키는 단계; 미세전류 치료기의 작동으로 인한 데이터를 수집하고 처리하는 단계; 및 데이터를 전송 및 저장하는 단계를 포함하고, 상기 미세전류 치료기는 인지 형태의 미세전류를 주기적으로 발생시킨다.