本发明涉及生物基因工程技术领域,具体的说是一种向微拟球藻叶绿体中导入外源DNA的方法及相关的叶绿体基因组序列。基因序列包括SEQID NO:1所示的序列、SEQ ID NO:2所示的序列以及插入两者之间的外源基因。具体方法通过电穿孔法将包括SEQ ID NO:1所示的序列、SEQ ID NO:2所示的序列以及插入两者之间的外源基因的叶绿体转化载体导入微拟球藻细胞。本发明提供了根据七株微拟球藻叶绿体基因组之间的保守基因以及微拟球藻叶绿体和硅藻或褐藻叶绿体基因组的保守基因,可以用于设计构建在微拟球藻中通用的叶绿体遗传改造体系以及多个种属单细胞微藻通用的叶绿体遗传改造体系。