The present invention relates to mesenchymal stem cell culture media for preventing or treating inflammatory diseases and a method for preparing the same. The stem cell culture media, obtained by culturing mesenchymal stem cells in a three-dimensional culture by using a biocompatible scaffold in a serum-free medium, secretes a higher concentration of PGE2 as an immunoregulatory factor than the same of stem cell culture media obtained by a two-dimensional culture according to a conventional method, and has an excellent inhibition effect against an immune response and an inflammatory cytokine secretion. Thus, the stem cell culture media can be usefully used as a composition for preventing or treating an inflammatory disease.본 발명은 염증성 질환의 예방 또는 치료용 중간엽줄기세포 배양액 및 이의 제조방법에 관한 것으로, 본 발명의 방법에 따라 중간엽줄기세포를 무혈청 배지 중 생체적합성 스캐폴드를 이용하여 3차원 배양하여 얻어지는 줄기세포 배양액은 종래의 방법에 따라 2차원 배양하여 얻어지는 줄기세포 배양액보다 면역조절인자인 PGE2가 고농도로 분비되고, 면역반응 억제 및 염증성 사이토카인 분비 억제 효과가 우수하므로, 염증성 질환을 예방 또는 치료하는 조성물로 유용하게 사용될 수 있다.